成立背景及概念
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参见：香港足球和凤凰计划 (香港)
“香港超级联赛”的概念最早可以追溯至1980年代，当时班霸精工的班主黄创山提出成立香港超级联赛，所有足球队均以商业赞助作为球队名称，每支球队设有6名外援下限[3]，有别于现时主流的外援上限。黄创山提出此概念时，英格兰超级足球联赛尚未成立。
至2007年，亚洲足球协会（亚洲足协）为改革亚洲联赛冠军杯，为亚洲足协的不同成员国的联赛进行评分。亚洲足协的人士于2007年4月到达香港为香港进行评分，且于同年4月15日入场观看当时为顶级联赛的甲组联赛赛事，由南华对杰志，最终赛果为1-1，亦是旺角大球场在2009年重建前最后一场满座的足球赛事。然而亚洲足协对香港联赛的评分并不高，并未获得任何2009年改革后之亚洲冠军联赛的任何席位。于2008年，部分香港甲组联赛的球会因应亚洲足协的评分，决定向香港足球总会提出成立独立于联赛的管理委员会，获足总接纳[4]，其后部分甲组球会自发成立“香港职业联赛有限公司筹委会”，撰写了数十张投影片的简报作为建议书，其后有人质疑这份建议书只是一份简报并不够详尽，包括时任足总主席梁孔德。香港足球总会有尝试实行部分建议，包括在2009–10球季开始前举办慈善盾，但未有正式成立独立于足总的职业联赛或联赛委员会。
凤凰计划与推动联赛成立
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2009年，香港足球队创造佳绩，例子包括香港队力压北韩晋身2010年东亚足球锦标赛决赛周，南华晋身亚协杯四强而且全场满座，而香港奥运足球代表队于12月亦历史性夺得2009年东亚运动会足球比赛的金牌。香港政府因应民间要求大力发展足球运动的呼声，而于2010年3月11日的立法会会议上，透过民政事务局公布推动足球发展的“凤凰计划”顾问报告[5]。
香港足球总会根据《凤凰计划》报告书内容，聘请足球顾问团草拟改革报告，于2011年2月11日举行的董事局会议上，通过原则上同意及支持足球顾问团所建议之报告[6]。2011年4月14日，香港足球总会召开特别会员大会，出席的84人全部投赞成票，一致通过修改宪章，正式落实《凤凰计划》改革香港足球运动，原定于2012年成立香港超级足球联赛[7]。
香港超级足球联赛原定于2012–13赛季展开首届赛事，有 12 支球队参加，成立初期将不实施降班制度，并且计划按年增加参赛球队数目[8]。
在2011年5月11日的香港足球总会举行该年度第三次甲组座谈会，提议于2011–12赛季举办最后一届甲组联赛，并实施升 4 降 2 的升降制度，故此，首届香港超级足球联赛将由最后一届甲组联赛的前 8 名球队，加上乙组联赛前两名球队组成[9]。制度要求所有参加香港超级足球联赛的球队必须经营 13 至 18 岁的青年学院，并且可能以新成立的青年学院联赛取代现时的香港预备组联赛。
超级联赛的要求比甲组为高和严谨，根据亚洲足协规定，一个地区最顶级的联赛应有12支球队、教练员需持有A级教练牌、球队内除正选球队外还要有4队青年军，而且球员应设有薪金下限等，因应《凤凰计划》重新设计，香港职业联赛首届赛事延至2014–15赛季开始，并且将2012–13年的甲组联赛升降制度由原先的升4降2，改为升3降1，即由2012–13年度甲组联赛的首9支球队，加上乙组联赛的前3支球队，组成最后一届香港甲组足球联赛的12支参赛球队，再将2013–14年甲组联赛的11支参赛球队加上乙组联赛冠军球队，组成首届超级联赛的12支参赛球队。
但最终由于数支原本在甲组的球会，包括南区、晨曦和公民对港超的安排不满，相继宣布不会竞逐首届港超联，令参与港超的原来班底仅剩下七队，包括杰志、南华、太阳飞马、标准流浪、东方、天行元朗和横滨FC（香港），加上新升班的和富大埔和黄大仙，合共九支球队组成第一届香港超级联赛。
港超联正式开赛
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2014年8月21日，香港足球总会主席梁孔德先生联同行政总裁薛基辅先生为香港超级足球联赛开记者会，宣传香港超级足球联赛正式成立。第一届赛事开幕战为2014年9月12日杰志对和富大埔，杰志夺得首届冠军，继末代甲组联赛后，成功卫冕顶级联赛冠军。第二届赛事由东方夺得冠军，是该队事隔21年后重夺香港顶级联赛冠军，而季中上任的陈婉婷成为全球首位带领男子职业足球队赢得顶级联赛冠军的女教练。[10][11]
第三届赛事2016-17球季，因为球队队数有限，香港足球总会希望增加联赛场次，故加入业馀球会港会及广州富力二队（球队最终定名为R&F富力）令队数增加至 11 队。最后港会降班，南华于同年“自降”港甲，港甲第一及第二名晨曦及黄大仙赞助商不愿意加大投资额选择不升班。2017–18年球季，R&F富力将迁移主场到广州市的燕子岗体育场，为香港超级联赛首次于香港以外举行赛事。[12]
2019–20球季，上届甲组联赛冠军球队愉园升班，事隔六季后再度于香港顶级联赛中角逐，亦是该队首度于港超联比赛。赛事原有10队参与，但因应2019冠状病毒病疫情，标准流浪、佳联元朗、香港飞马和和富大埔没有参与复赛赛事，最后有6队角逐复赛。
2020–21年球季，佳联元朗和和富大埔自行降班，富力R&F宣布退出解散，晋峰则以2019–20球季停摆前甲组联赛第一名身分加入超联，赛事共有8队参与。2021–22年球季，香港飞马和愉园自行降班后，香港足球总会邀请港会升班，并成立香港U23，以维持8队参与，赛事最终因新型冠状病毒大流行而腰斩。
港超联赛会成立
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2022–23年球季，和富大埔和深水埗接受香港足球总会邀请升班，令赛事恢复至10队参赛；同时取消未来三个球季的降班制度，以逹到12队作赛为目标，各支球会同时成立“港超联赛会”，会由2022/23球季开始营运3年作为“试办期”，集中为港超联市场推广及寻商业赞助，并实现票房共享。[13]
2023–24年球季，在甲组联赛冠军中西区跟亚军骏英九龙城表明无意升班，季军高力北区决定升班，令本季有11队足球队参赛。
2024–25年球季，深水埗跟晋峰上季结束后相继决定弃战港超，加上香港U23解散。同时，甲组联赛冠军骏英九龙城决定升班，令本季参赛队数由11队减至9队。