一、大赛背景近年来,各国高度重视计算生物学发展,尝试利用计算生物学方法和技术破解生物医药行业的难题。上海作为生物医药科技创新实力最强、活力最足的区域之一,需要配置核心要素资源、吸引全球人才、抢占制高点,实现计算生物学高质量发展,用AI赋能生物医药科技创新和产业发展。为进一步推动计算生物学发展,落实《上海市计算生物学创新发展行动计划(2023-2025年)》,拟连续举办上海国际计算生物学创新大赛,吸引国内外高校、科研院所、企业和个人积极参与,通过大赛遴选人才和项目,构建人才和项目蓄水池,力争做成在AI赋能生命科学领域有影响力的国际大赛。
2025上海国际计算生物学创新大赛基于HCAR1的已知蛋白序列和结构等信息,通过AI计算从小分子(乳酸受体拮抗剂)和大分子(乳酸受体特异性抗体)双路径筛选潜在药物候选分子,结合湿实验验证其特异性与活性,加速HCAR1靶点药物的发现与临床转化,推动AI技术在药物研发中的实际应用。
二、大赛目的通过大赛,构建“技术创新-药物发现-成果转化”的全链条创新体系,发挥上海在临床资源与计算生物学的双重优势,助力具有国际竞争力的原创靶点成药,为科技创新和产业升级注入新动能。遴选吸引全球计算生物学相关领域优秀人才,强化学科交叉、交流创新前沿、挖掘场景需求、迸发创新火花,提升上海计算生物学综合实力和竞争力。打造“上海国际计算生物学创新大赛”国际化品牌,提升上海计算生物学国际影响力。营造创新应用转化生态,聚焦创新前沿和应用场景及其解决方案,建立以赛代评、以赛选人机制,吸引更多创新、产业和资本资源加入,形成资源对接网络,推动算法、软件和结构等原研原创技术产品落地。
三、参赛对象1、参赛对象:大赛面向全球社会各界开放,不限年龄、国籍,各高等院校、科研单位、企事业单位、个人等均可登录官网报名参赛。
2、报名要求:全体参赛团队成员须在本平台完成报名并组队,报名时需提供所有成员的个人基本信息,并通过实名认证即可参赛。
3、组队要求:每位参赛者仅可组建或者加入一支参赛团队,原则上不允许更换队伍;每支参赛团队限定1-5人。由队长在大赛平台<我的团队>创建队伍(团队名称由队长自行拟定),其他全部队员搜索团队名称加入。参赛选手需在报名截止日期前完成组队。
※参赛队伍可选择参加小分子(乳酸受体拮抗剂)、大分子(乳酸受体特异性抗体)或两个赛道都参加。
说明:
1、参与赛题谋划和大赛组织的相关人员不得参赛。
2、参赛账号仅限参赛者本人使用,不得将其以任何形式向第三方转让、出租、出借、出售、披露、泄露等。
3、参赛者有义务保证账号信息的真实性和有效性,因信息无效或错误造成的后果由参赛者自行承担。
4、参赛者对参赛账号的使用自行承担责任,遭遇安全问题(如账号遗失、被盗、被未授权使用等)时应立即通知组委会。
四、赛题与数据1、赛题简介:
2025年2月4日,华东师范大学生命科学学院卢伟强研究员和刘明耀教授研究团队在Nature Immunology上发表文章,率先揭示G蛋白偶联受体(GPCR)家族成员HCAR1通过感知乳酸信号驱动肿瘤免疫逃逸的新机制,并系统阐明乳酸受体HCAR1抑制剂在肿瘤免疫治疗中的潜在应用价值。
G蛋白偶联受体(GPCR)家族的重要成员——羟基羧酸受体1(HCAR1)是潜在的抗肿瘤药物创新靶标,开发高效特异的HCAR1药物分子成为极具价值的药物研发新方向。作为一类典型的细胞膜表面受体,HCAR1能够特异性识别乳酸分子,并介导下游信号传导通路,在能量代谢调控、免疫炎症反应等关键生理过程中扮演核心角色。最新的研究表明,HCAR1信号通路的异常激活与代谢紊乱以及肿瘤发生发展等多种病理过程密切相关。例如,HCAR1异常活化能够增强免疫抑制性细胞募集,从而抑制抗肿瘤免疫反应,驱动肠癌等多种肿瘤的恶性进展。HCAR1异常激活也能通过提高脂肪细胞代谢水平,促进肿瘤诱导的恶质病。
目前,尽管HCAR1作为治疗靶点的重要性日益显现,但针对该受体的高亲和力、高选择性的HCAR1药物分子仍处于研发空白状态。高通量活性测试难度大、三维结构信息缺乏以及存在多个同源受体干扰等因素是导致HCAR1药物分子研发滞后的主要原因。
大赛将基于HCAR1的已知蛋白序列和结构等信息,通过AI计算从小分子(乳酸受体拮抗剂)和大分子(乳酸受体特异性抗体)双路径筛选潜在药物候选分子,结合湿实验验证其特异性与活性,加速HCAR1靶点药物的发现与临床转化,推动AI技术在药物研发中的实际应用。(具体赛题说明见“赛题详情”页面)
2、小分子化合物库:
(1) 本赛题指定化合物库:包含约1000万个化合物及其详细信息(提供化合物库下载链接:计算生物化合物库.zip),已知活性约2万个分子,其他化合物约1000万个分子(包含商业化合物优选和拓展化合物库)
(建库标准:① 基于结构标准化和哈希索引的方法去重,② 运用RDKIT算法剔除不能识别分子,③ 保存300~600分子量,④ 软件兼容性测试)
(2) 为鼓励原创新药的发现,本次大赛接受参赛团队提交从头生成的全新化合物样品实体。
3、抗体序列库来源:
(1) INDI数据库(http://research.naturalantibody.com)参赛队伍可以从已有数据库中高通量筛选与HCAR1结合的候选抗体或加以改造。
(2) 参赛队伍仅提供抗体序列,无需提供实体。主办方负责所有抗体的表达和活性验证。为统一标准,抗体的编号统一采用IMGT编号方法。
五、赛程安排大赛包括报名、初赛和决赛三个阶段,小分子(乳酸受体拮抗剂)和大分子(乳酸受体特异性抗体)分开进行评选,比赛赛程节点保持一致:
(一)小分子(乳酸受体拮抗剂)赛程安排:
1、报名(即日起-7月12日23:59:59)
参赛者以个人或组队形式报名(均需创建参赛团队),并在规定时间内提交作品。主办方将于2025年7月25日前公布入选团队和小分子化合物列表。参赛团队需提交的作品包括:
提交内容时间提交要求提交拟开展方案摘要
即日起-
7月12日23:59:59
参赛团队提交拟开展方案摘要(摘要模板下载:附件1 拟开展方案摘要模板.docx),主办方将依据参赛团队研究基础、对赛题的理解、方案可行性与创新性等指标筛选不超过100支团队进入比赛(摘要评分规则下载:附件2 摘要评分规则.pdf)提交参赛分子参赛团队使用自建的AI计算模型参与比赛,按预测得分由高到低排序,提交100个参赛分子(作品提交模板下载:附件3 初赛作品提交模板.docx)。主办方将根据参赛团队所提交分子的优先级,选择每支团队不少于10个分子进行湿实验验证。提交参赛分子源代码主办方鼓励参赛团队提交可复现参赛分子筛选结果的源代码,鼓励开源,鼓励原创性算法。如参赛队伍入围比赛,则必须提交源代码。
2、初赛(2025年7月25日-10月上旬)
在初赛阶段,主办方对参赛分子进行湿实验验证和评价(小分子初赛实验测试流程与评分规则下载:附件4 小分子初赛实验测试流程与评分规则.pdf)。主办方将于2025年10月,公布晋级决赛的团队名单。初赛包括以下三个环节:
阶段时间日程初赛阶段2025年7月25日-
10月上旬
入围:基于Glosensor cAMP的双浓度拮抗活性评价,拮抗活性排名前100的活性分子进入下一环节。初评:基于Glosensor cAMP的多浓度拮抗活性评价及初步比较后,排名前10的参赛团队进入下一环节。复审:•阶段一:基于HTRF cAMP的多浓度拮抗活性评价后,排名前5的参赛团队进入下一阶段(同时晋级决赛);进入复审阶段一但未进入阶段二的5支团队,获得优胜奖。•阶段二:靶点选择性评价后,主办方将公布晋级决赛的5支参赛团队的湿实验成绩。
3、决赛(2025年10月中旬)
晋级决赛的5支参赛团队将受邀进行现场答辩,由决赛评委会进行打分,并现场公布各团队的答辩成绩。
主办方将根据湿实验成绩(70%)和答辩成绩(30%)的加权得分,决出一、二、三等奖。
注意:决赛答辩相关要求及评分说明,将于决赛开始前在大赛平台公布,请参赛者及时关注大赛官方信息。
(二)大分子(乳酸受体特异性抗体)赛程安排:
1、报名(即日起-7月12日23:59:59)
参赛者以个人或组队形式报名(均需创建参赛团队),并在规定时间内提交作品。主办方将于2025年7月25日前公布入选团队和抗体分子列表。参赛团队需提交的作品包括:
提交内容时间提交要求提交拟开展方案摘要
即日起-
7月12日23:59:59
参赛团队提交拟开展方案摘要(摘要模板下载:附件1 拟开展方案摘要模板.docx),主办方将依据参赛团队研究基础、对赛题的理解、方案可行性与创新性等指标筛选不超过50支团队进入比赛。(摘要评分规则下载:附件2 摘要评分规则.pdf 提交参赛分子参赛团队使用自建的AI计算模型参与比赛,按预测得分由高到低排序,提交50个参赛分子(作品提交模板下载:附件3 初赛作品提交模板.docx)。主办方将根据参赛团队所提交分子的优先级,选择每支团队不少于5个分子进行湿实验验证。提交参赛分子源代码主办方鼓励参赛团队提交可复现参赛分子筛选结果的源代码,鼓励开源,鼓励原创性算法。如参赛队伍入围比赛,则必须提交源代码。
2、初赛(2025年7月25日-10月上旬)
在初赛阶段,主办方对参赛分子进行湿实验验证和评价(大分子初赛实验测试流程与评分规则下载:附件6 大分子初赛实验测试流程与评分规则.pdf)。主办方将于2025年10月,公布晋级决赛的团队名单。初赛包括以下三个环节:
阶段时间日程初赛阶段2025年7月25日-
10月上旬
入围:基于抗体表达量和Glosensor cAMP的双浓度拮抗活性评价,择优选取排名前50的活性分子进入下一环节。初评:基于抗体的特异性结合验证和Glosensor cAMP的多浓度拮抗活性评价,择优选取排名前10的参赛团队进入下一环节。复审:•阶段一:基于HTRF cAMP的多浓度拮抗活性评价后,排名前5的参赛团队进入下一阶段(同时晋级决赛);进入复审阶段一但未进入阶段二的5支团队、获得优胜奖。•阶段二:靶点选择性评价后,主办方将公布晋级决赛的5支参赛团队的湿实验成绩。
3、决赛(2025年10月中旬)
晋级决赛的5支参赛团队将受邀进行现场答辩,由决赛评委会进行打分,并现场公布各团队的答辩成绩。
主办方将根据湿实验成绩(70%)和答辩成绩(30%)的加权得分,决出一、二、三等奖。
注意:决赛答辩相关要求及评分说明,将于决赛开始前在大赛平台公布,请参赛者及时关注大赛官方信息。
六、大赛交流
如您对本届大赛有任何疑问,可通过以下方式联系我们:
方式一:添加官方微信小助手(※请所有参赛队长务必添加小助手)
微信扫描二维码添加“大赛小助手”微信账号。添加后回复“上海计算生物学大赛”,进行咨询。
方式二:发送邮件
电子邮箱:SICBC@yicai.com
邮件主题建议包含“大赛咨询”字样,以便识别。
重要提示:
1、咨询接待时间为工作日(周一至周五)9:30-18:00。在此期间发送的咨询信息,我们将尽快处理并回复;
非工作日(含节假日)或工作日 9:30前和18:00 之后发送的咨询,将于下一个工作日处理并回复。
2、为提高沟通效率并确保信息准确,请务必在沟通时清晰注明您的姓名、团队名称及联系方式(如手机号码)等报名信息。
该信息将仅用于组委会内部身份核对及事务处理。
3、上述指定的微信账号和电子邮箱均为本届大赛的官方联络渠道,由第一财经统一运营管理。
请留意识别,谨防假冒。
七、组织机构
1、指导单位:上海市科学技术委员会
2、主办单位:上海市生物医药科技产业促进中心
3、联合主办单位(简称):复旦大学、华东师范大学、中国科学院上海药物研究所、近岸蛋白、恒瑞医药、上海国投先导、国泰海通、智药邦、中国电信、一财万项
4、承办单位:上海生物医药公共技术服务有限公司、上海市生物医药产业技术功能型平台
5、支持单位:上海泰坦科技股份有限公司
八、其他说明
若出现以下情况,将视为违规,大赛组委会有权取消参赛团队的参赛资格:
1、参赛报名信息虚假,或不符合大赛报名及组队要求的参赛者/参赛团队;
2、参赛作品涉嫌抄袭,侵犯他人知识产权等行为;
3、参赛期间或参赛作品被发现或被举报认定存在的其他违法、违规行为;
4、大赛数据:组委会仅授权参赛人员使用本次大赛提供的数据进行模型训练工作,参赛人员不得将本次比赛的提供的模型训练数据用于任何商业用途;
5、比赛知识产权相关说明参考本页面底部附件《知识产权约定》。
本届大赛规程最终解释权归大赛组委会所有。