拳皇2002Plus继承了拳皇2002的经典玩法，采用了3对3对战模式，玩家可以在战斗中随时切换角色，每个角色都有独特的技能和战斗风格。玩家可通过方向键控制角色移动，A、B、C、D键分别对应轻拳、重拳、轻脚、重脚。通过不同的按键组合，可以释放出各类连招和必杀技。
拳皇2002Plus相比原版增加了更多隐藏角色，玩家可以通过特定的操作调出这些隐藏角色进行游戏。游戏中的T.O.P.系统允许玩家在体力槽上选择一段作为T.O.P.区域，在这个区域内攻击伤害会增加，并可以使用特殊的T.O.P.攻击。此外，游戏还强化了MAX2超必杀技，视觉效果和伤害都有很大提升，让战斗更加精彩刺激。